Normalnym stanem zdrowego noworodka ludzkiego jest stały sen. Noworodek budzi się z tego snu tylko pod wpływem bodźców obwodowych, ustrojowych lub zewnętrznych różnego rodzaju: fizycznych, chemicznych, termicznych, jeżeli te bodźce są dostatecznie silne, aby obudzić uczucie przykrości i dążność do jej usunięcia przez zaspokojenie potrzeby fizjologicznej”. Mamy tu zatem do czynienia z bodźcami i reakcjami, które Pawłow nazywa bezwarunkowymi, a które zwykle są nazywane instynktowymi i polegają wyłącznie na reakcjach afektywnych, krzyku, płaczu i miotaniu się dziecka. Stąd wynika, że bynajmniej nie stan snu, jak to twierdzi Claparède, ale przeciwnie, stan czuwania ma charakter reakcji instynktowej; sen noworodka nie jest ani skutkiem znużenia, ani samozatrucia hipnotoksynami, ani tym mniej nie jest antycypowaniem skutków znużenia, bo noworodek w ogóle do żadnego antycypowania nie jest zdolny i nie ma powodów, aby był znużony.
Sen noworodka jest dalszym ciągiem stanu płodowego, nie jest zatem, w przeciwieństwie do stosunków u człowieka dorosłego, przejawem aktywności mechanizmów nerwowych nazywanych ośrodkami snu, ale wręcz przeciwnie, jest przejawem braku aktywności kory mózgowej i brakiem aktywności podkorowych mechanizmów instynktowych. Również mylne jest twierdzenie niektórych autorów o działaniu ośrodków snu i o nerwowych mechanizmach naprzemienności stanów snu i czuwania u anencefalów, gdyż w rzeczywistości i u nich sen jest ciągły i jest przerywany tylko przez bodźce, budzące uczucie przykrości protopatycznej, czyli budzące aktywność ,,talamicznego ośrodka afektywności protopatycznej” Heada. Stan czuwania jest albo stanem aktywności kory mózgowej, albo inaczej: aktywności instynktowej lub aktywności psychicznej. Jeżeli żadnej z tych aktywności nie ma w dostatecznym stopniu, to występuje stan snu.
Stan czuwania noworodka jest zatem aktywnością podkorowo-instynktową. Ta aktywność rzutuje na korę mózgową jedność czynnościową talamiczną, zabarwioną afektywnie i powoduje w korze engrafię tego zespołu. Zachodzi pytanie, na jakiej podstawie mamy prawo twierdzić, że istnieje w korze engrafia, która w niej pozostawia zespół engramów, jeżeli nikt tych zmian engraficznych pod mikroskopem nie widział i dlatego — a zresztą i dla innych powodów twierdzimy, że engrafia jest procesem natury energetycznej a nie strukturalnej. Mamy tylko jeden dowód na wykazanie engrafii, ale zupełnie wystarczający: jest to ekforia utrwalonego zespołu engramów, będąca niezbędnym warunkiem powstawania nowych reakcji, właśnie dlatego nazywanych przez Pawłowa odruchami warunkowymi. Jest rzeczą zrozumiałą, że ekforia zespołu engramów może nastąpić tylko tam, gdzie przedtem działał proces engraficzny. Nawet Pawłow, tak bardzo unikający mowy o pamięci nawet fizjologicznej, podkreśla, że „wiązania korowe”, czyli „ślady korowe” są konieczną podstawą każdego odruchu warunkowego. Każdy nowy odruch warunkowy jest zatem fizjologicznym dowodem powstania korowego zespołu engramów, nowego nastawienia w korze mózgowej.
Pawłow twierdzi, że powiązaniu w korze ulega w tych przypadkach bodziec warunkowy z bodźcem bezwarunkowym, którym w jego doświadczeniach bywał najczęściej pokarm. Ale my wiemy już, że w rzeczywistości ulegają engrafii i powiązaniu nie dwa izolowane bodźce, ale całe zespoły jednościowe talamiczne, czyli wszystkie współczesne podrażnienia podwójnie przekształcone w segmentach rdzeniowych i we wzgórzach wzrokowych. Może najlepszym dowodem zespołowego charakteru engrafii jest fakt stwierdzany przez Pawłowa, że wypracowanie odruchu warunkowego prowadzi od początkowego zjawiska „generalizacji” do późniejszych zjawisk „koncentracji”.
Technika wypracowania odruchu warunkowego polega na powtarzających się pewną liczbę razy doświadczeniach, które odbywają się w specjalnie urządzonym pokoju laboratoryjnym, możliwie najbardziej izolującym od wrażeń zewnętrznych. Po umocowaniu zwierzęcia na stojaku działa jakikolwiek bodziec obojętny, np. ściśle określony dźwięk karnertonu, następnie po upływie 3—30 sekund stosowany jest bodziec bezwarunkowy, zazwyczaj pokarm. Zwierzęciu doświadczalnemu, którym najczęściej bywał pies, przed doświadczeniem wstawiano do przewodu ślinianki małą szklaną kaniulę, do której spływała kroplami ślina w ilościach dających się łatwo obliczyć. W pierwszych doświadczeniach pies reaguje ślinieniem dopiero na bodziec bezwarunkowy, pokarm, na bodziec obojętny zaś nie reaguje wcale. Po powtórzeniu szeregu doświadczeń najpierw zaczyna występować reakcja pod postacią ślinienia zaraz po wprowadzeniu psa do pokoju doświadczalnego, jako „odruch na środowisko” w okresie „generalizacji” – odruchu warunkowego. Przy powtarzaniu dalszych doświadczeń odruch na środowisko zanika i ślinienie występuje dopiero po zadziałaniu dźwięku kamertonu, bez względu na liczbę jego drgań na sekundę. Dopiero w dalszym przebiegu powtarzanego doświadczenia zaczyna zanikać reakcja ślinienia na byle jaki ton kamertonu, w końcu zanika nawet na najbliższe tony i utrwala się reakcja już wyłącznie tylko na ton o ściśle określonej liczbie drgań, czyli na właściwy „bodziec warunkowy”, już teraz nieobojętny. Ten okres coraz bardziej dokładnego odróżniania właściwego bodźca warunkowego nazywa Pawłow „koncentracją odruchu warunkowego”.
Pawłow generalizację odruchu warunkowego interpretuje jako „zdolność układu nerwowego do uogólniania”, proces koncentralizacji zalicza do „hamowania wewnętrznego”. Ale przyznaje, że nie jest w stanie wytłumaczyć bliżej owej zdolności do uogólniania i że nie wie, czym jest hamowanie wewnętrzne i jak powstają „związki korowe” bodźca warunkowego z bezwarunkowym. Pawłow unika wszelkiego tłumaczenia psychologicznego i terminów psychologicznych, ponieważ przedmiot psychologii uważa za nienaukowy, gdyż zjawiska psychiczne są przestrzennie niewymierne.
Przyczyna, dla której Pawłow nie mógł dać czysto fizjologicznego wytłumaczenia najbardziej podstawowych cech odruchowości warunkowej, zdaje się tkwić właśnie w tym, że zjawiska odruchowości warunkowej mają charakter psychologiczny i dlatego prawdopodobnie nigdy nie znajdziemy wytłumaczenia tych zjawisk w fizjologii luku odruchowego, a raczej znajdziemy w przyszłości w zakresie globalnych psycho i neurodynamizmów kory mózgowej. Stąd wynika, że to, co w odruchowości warunkowej nie daje się wytłumaczyć fizjologią refleksologiczną, daje się z łatwością wyjaśnić psychologicznie. „Wiązanie korowe” bodźca warunkowego z bezwarunkowym to proces engrafii zespołowej, fizjologicznej podstawy zapamiętywania, w którym wspomnienie karmienia, zaspokajania głodu przez bodziec „bezwarunkowy”, zostaje skojarzone ze wspomnieniem zadziałania bodźca warunkowego, dawniej obojętnego i nieczynnego, który jednak przestaje być obojętny wskutek znanego w psychologii procesu „irradiacji”, promieniowania przyjemnego uczucia zaspokajania głodu na bodziec warunkowy, który staje się w ten sposób przyjemnym zwiastunem rychłego karmienia.